Das Makrozoobenthos besteht aus den wirbellosen tierischen Organismen, die die Gewässersohle besiedeln. Würmer, Schnecken, Muscheln sowie Krebstiere und die arten- und individuenreiche Gruppe der Insekten (insbesondere Insektenlarven) prägen die Besiedlung. Im Ökosystem eines Fließgewässers nehmen die Organismen des Makrozoobenthos eine wichtige Rolle ein, indem sie organisches Material als Konsumenten verwerten und selber wiederum als Nahrungsgrundlage, z. B. für Fische, dienen.
Makrozoobenthos-Organismen sind gute Bioindikatoren. Ihr Vorkommen oder Fehlen zeigt neben der organischen Belastung unter anderem strukturelle Defizite und den Verlust von besiedelbaren Habitaten an. Damit kommt dem Makrozoobenthos bei der Fließgewässerbewertung eine wichtige Rolle zu.
Das modular aufgebaute, multimetrische Bewertungssystem für Fließgewässer PERLODES setzt sich aus den drei Modulen „Saprobie“, „Allgemeine Degradation“ und „Versauerung“ zusammen. Je nach Gewässertyp geht eine unterschiedliche Anzahl und Kombination von Einzelindizes in die Bewertung des Makrozoobenthos ein.
Die Gesamtbewertung der ökologischen Zustandsklasse ergibt sich über das „Worst-Case-Prinzip“ aus den Qualitätsklassen der Einzelmodule.
In stehenden Gewässern kommen ebenfalls zahlreiche Arten des Makrozoobenthos vor. Für die Bioindikation des ökologischen Zustands von stehenden Gewässern eignen sich jedoch andere Bioindikatoren besser
Phytoplankton, Makrophyten. Daher wird das Makrozoobenthos in Seen und Talsperren in Nordrhein-Westfalen derzeit nicht betrachtet.
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